净化车间为保证系统的正常运行，节约能量，并防止室内不同房间之间的相互污染，净化空调系统划分时，应综合考虑，分别设置独立的净化空调系统。层流净化空调系统与乱流净化空调系统；具有初效过滤器、中效过滤器和高效过滤器的高效净化空调系统与只有粗效过滤器和中效过滤器的中效净化空调系统；回风温、湿度很高的净化空调系统与回风温、湿度较低的净化车间空调系统；运行班次与使用时间不同的净化空调系统；集中式净化空调系统一般不宜过大，面积大的车间，应采用几个净化空调系统。

        在净化车间的空调系统划分以后，需要针对一个具体的系统，进行设计，要注意当工艺无特殊要求时，在保证新风量、排风量及净化车间正压的条件下，净化空调系统应尽量利用回风，当工艺不允许利用回风或工艺过程产生的有害物利用局部排风不能完全排除时，才利用直流式净化空调系统。

        净化车间空调系统的新风入口，一般是彼此独立的，当净化车间面积较大，采用几个空调系统时，新风可经集中热、湿处理后送到各个空调系统；空调系统一般不宜设置消声器，应尽量采用其他综合措施以满足洁净车间对消声的要求，当必须采用消声器时，应选用不宜积尘和产尘的结构形式和消声材料，如微穿孔板消声器或微穿孔板复合消声器；洁净度为100级、1000级和1万级的净化车间不应采用散热器采暖，10万级洁净车间也不易采用散热器采暖；净化车间一般可不设值班风机，当净化空调系统停止运行后对产品的影响，而工艺又不能采取局部处理措施时，可设值班风机；散热器应采用表面光滑、不易集尘、便于清扫的形式。